Capodimonte fino ai tempi più antichi veniva segnalata sulle mappe dei naviganti come prezioso punto di rifornimento. Era infatti presente (attiva tuttora) una sorgente di acqua dolce.
Le navi romane che uscivano da Portofino (Portum Delphini), si fermavano a Capodimonte per rifornirsi di acqua e come loro venivano attirati da questa disponibilità tutti i naviganti dell'alto tirreno.
Fu probabilmente per questo motivo che si diffuse la leggenda di un Drago a guardia della sorgente, per cercare di allontanare i concorrenti.
Agli inizi del III secolo il cristianesimo è esteso in tutta la Spagna. Le persecuzioni iniziarono intorno alla metà del secolo quando viene eletto Imperatore Decio, che per garantirsi l'appoggio dei senatori legati profondamente alla tradizione pagana impone a tutti i sudditi dell'impero di rinnegare Cristo e abbracciare il paganesimo.
Fruttuoso, vescovo di Tarragona, venne arrestato e condannato al rogo insieme ai Diaconi Eulogio ed Augurio il 16 gennaio del 259,  per non aver accettato le decisioni dell'Imperatore Decio.
Vi sono tre diverse ipotesi sulla data del trasferimento delle reliquie in Liguria.
La prima ipotesi è che le spoglie dei tre martiri siano state trasferite tre anni dopo, nel 262.
La seconda ipotesi vuole che la data si sposti al 409, quando la Spagna viene invasa dai vandali e migliaia di spagnoli cercano la salvezza emigrando in Liguria e in Provenza.
La terza ed ultima ipotesi posticipa la data al 711, per sfuggire questa volta, alle persecuzioni degli Arabi.
L'urna contenente le ceneri del Vescovo e dei suoi Diaconi venne portata in Liguria, ai piedi del monte di Portofino nella baia di Capodimonte.
Si pensa che probabilmente i profughi di Tarragona trovarono una edificazione di epoca romana abbandonata. I religiosi costruirono una cappella sopra la sorgente che assume un significato sacro.
Intorno all'anno mille, sulle arcate che poggiano sulla spiaggia inizia la costruzione della chiesa con il campanile ottagonale ed il chiostro. In seguito vennero costruiti, il refettorio, la sala capitolare ed il dormitorio.
La fama dei martiri spagnoli si diffuse, ed i marinai arrivavano da ogni parte dei mari, per portare nella chiesa ori, marmi, ed altri oggetti preziosi.
Un giorno gettarono l’ancora a San Fruttuoso i vascelli dei pirati Saraceni, che saccheggiarono la chiesa e distrussero colonne, capitelli, altari e tutto ciò che trovarono. Iniziò quindi il lungo lavoro di ricostruzione.
Nel 1200, la famiglia dei Doria, una nobile famiglia Genovese, costruì la parte della chiesa che affaccia sul mare, non più in stile romanico ma gotico.
Le tombe degli esponenti della famiglia Doria vengono accolte nel locale adiacente al chiostro.
Dal 1500, furono molte le flotte di corsari, che spiegano le vele da turchia e nord Africa, per depredare navi e città, per questo vennero costruite torri lungo tutta la costa ligure.
Andrea Doria non volle lasciare l'Abbazia esposta agli attacchi dei pirati, fece cosi costruire una grande torre a difesa della baia
Nel 1954 al largo della baia viene immersa la statua del cristo degli abissi.
L'abbazia di San Fruttuoso venne donata dalla famiglia Doria nel 1983, al Fondo per l'Ambiente Italiano.

Secondo il folclore, fu l'apostolo Paolo a portare in Spagna il Cristianesimo.
Quando iniziarono le persecuzioni, il capo della comunità cristiana, Vescovo Fruttuoso ed i suoi Diaconi Eulogio ed Augurio, vennero imprigionati. Ma portarono avanti anche nelle carceri la loro santa missione, pregando e convertendo chi voleva diventare sostenitore di Cristo.
Nemmeno davanti al giudice Emiliano rinnegarono mai il loro Dio per convertirsi al Paganesimo.
Qualche giorno dopo i tre vennero portati nell'anfiteatro sopra una catasta di legna che venne data alle fiamme.
Quel giorno, due donne al servizio del giudice Emiliano affacciate alla finestra, videro Fruttuoso, Augurio ed Eulogio salire in cielo incoronati.
A tarda notte alcuni popolani raggiunsero l'anfiteatro e raccolsero le ceneri dei tre martiri in un unica urna che poi venne nascosta.
Dopo alcuni secoli, i vandali scendono verso sud provocando morte e distruzione. San Prospero e alcuni giovani religiosi allora decisero di imbarcarsi e di portare al sicuro l'urna.
Si diressero verso la Liguria, dove avrebbero potuto approdare senza pericolo. La navigazione fu lunga, così si addormentarono.
A prete Giustino, uno dei giovani partiti per il mare, apparve in sogno l'angelo del signore che gli svelò, che avrebbe condotto lui ed i suoi amici in un luogo sovrastato da un grande monte, dove in una caverna abitava un enorme drago, disse però che non avrebbero dovuto temere perché grazie ai meriti dei tre martiri, avrebbe pensato lui stesso a scacciare il drago.
Aggiunse ancora che all'alba sarebbero arrivati ad una spiaggia e che sotto una roccia avrebbero trovato una sorgente di acqua. Lì avrebbero dovuto costruire una chiesa.
Il giorno seguente i giovani avvistarono ed approdarono su una spiaggia ai piedi di un grande monte. Trovarono la fonte di acqua, vicino alla quale tre leoni stavano disegnando il perimetro della chiesa da costruire.
Il monte forni le pietre, e la chiesa venne costruita sopra la sorgente.